Основните органи за управление на Агрономическият факултет са: Общото събрание, Факултетният съвет и Деканът. Общото събрание на факултета се състои от членовете на академичния състав на основен трудов договор, от представители на административния персонал, на студентите и докторантите във факултета. Факултетният съвет се състои от 23 члена и включва представители на академичния състав на основен трудов договор с Университета, студенти и докторанти. Деканът ръководи, организира и контролира учебната, научноизследователската, административната и други дейности на факултета.