Катедрата е създадена през декември 1999 г. въз основа на съществуващите преди това отделни катедри по „Вътрешни незаразни болести”, „Патология” и „Фармакология, обща терапия и токсикология” . Ръководител на катедрата по „Вътрешни незаразни болести” от нейното създаване до 1999 г. е бил проф. Георги Михайлов. Ръководител на катедрата „Патология” от създаването й до 1999 г. е бил проф. Васил Иванов, а тази по „Фармакология, обща терапия и токсикология” от създаването й до 1999 г. ръководител е проф. Борис Георгиев. От 1999 г. до 2018 г. ръководител на катедрата е проф. Гено Ангелов. От м. феврури 2018 г. ръководител на катедрата е проф. д-р Димитричка Димитрова.
През 2004 г. от състава на катедрата излизат дисциплините по Патологична физиология и Имунология, а на тяхно място влизат тези по Токсикология и Диететика, а през 2008 г. от катедрата излизат дисциплините по обща патологична морфология и специална патологична анатомия. През 2015 г. към катедрата влизат дисциплините по обща патологична морфология и специална патологична анатомия. Понастоящем в Катедрата по вътрешни незаразни болести, патология и фармакология се изучават 12 дисциплини (11 задължителни и една избираема) – Вътрешни незаразни болести; Пропедевтика на вътрешните болести; Фармакология с Фармация; Токсикология; Обща патоморфология; Специална патологична анатомия; Фармакотерапия; Диететика; Клинична лаборатория; Кардиология и част от дисциплината Болести по дивеча.

Към момента в катедрата работят: двама професори, двама доценти, петима главни асистенти и организатор на учебна дейност.

През 2006 г. в Катедрата е открита лаборатория: по „Клинична лаборатория”, оборудвана с автоматичен хематологичен анализатор, полуавтоматичен спектрофотометър, и научно-изследователски микроскоп, комплектован с цифрова камера и компютърна конфигурация.